Мешіт 1893 жылы қала мұсылмандарының қайырымдылыққа берген ақшаларына салынған. Құрылыстың алғашқы күнінен бастап мешіттің екі атауы болды, ресми – Кустанай қаласының Соборлық мешіті және бейресми – Ақмешіт – бұл атауды оған қаланың қарапайым діндарлары берді.
Қазақстандағы татар этносы мен мәдениетін зерттеуші Зуфар Махмутовтың пікірінше, ағаш мешітті татар көпестері 1893 жылы салған. Тас мешіттің немесе Ақмешіт құрылысының басталуын 1908 жыл деп санау қажет.
Кустанай мешітінің құрылысына Яушев көпестері 60 мың рубль көлемінде қайырымдылық жасады. Абдуали Яушев бүкіл құрылыс үдерісін басқарды.
Өзінің сәулеті бойынша Кустанай соборлық мешіті дәстүрлі татар стиліне сәйкес келді: ол бойлық осьтік көлемдерден тұрды, оның солтүстік-шығыс бөлігінде шатыр тәрізді төбесі бар көпдеңгейлі алтыбұрышты мұнаралар, қарама-қарсысында михраб үстіндегі күмбез тұрды. Мұнара намазхана мен салыстырмалы түрде кішкентай вестибюльді бөлетін негізгі қабырғаның үстінде орналасқан.
Кустанай мешіті екінші Мәскеу соборлық мешітінің жобасы бойынша салынған.
Биіктігі 6 метрлік мешіт ғимараты екі деңгейге бөлінді.
Сәулет жоспарларына сәйкес мешіт ғимаратының параметрлері келесідей: мешіттің ауданы 844,3 шаршы метр, биіктігі 4,510 метр, күмбездің биіктігі 18,890 метр, мұнараның биіктігі 22,745 метр. Мешіттің жалпы сыйымдылығы 1000-нан астам адамды құрайды.

1931 жылы ғимарат киноклубқа берілді. Соғыс кезінде ғимаратта эвакуация пункті орналасты. Соғыстан кейін мешіт жас көрерменнің кинотеатрына, 80 жылдары филармонияның концерт залына айналды. 1991 жылы ғимарат мұсылмандардың діни қоғамына берілді. 2002 жылы ғимарат діни ғалым Марал ишан Құрманұлының есімімен аталды. Мұндағы қызмет 2016 жылы жаңа мешіт салынғаннан кейін тоқтатылды. 2020 жылы қала орталығында әл-Фараби және Абай даңғылдарының қиылысында (мекенжайы: әл-Фараби даңғылы, 42) орналасқан Марал ишан мешітін қайта құру аяқталды. Мешіттің тарихи келбеті қалпына келтірілді: қасбеті өзінің алғашқы атауына ұқсас ақ түске боялды, мұнаралар мен күмбездер өзінің алғашқы келбетін тапты.